Dès le XVI ème siècle, les navigateurs portugais auraient laissé de précieux témoignages parlant de peuplements africains provenant de la côte Est-africaine, vraisemblablement originaires de l’actuel Mozambique.
L’immigration africaine aurait été accentuée par la traite d’esclaves, dont les descendants sont installés pour la plupart sur la côte Nord-Ouest de Madagascar. L’Afrique, voisine toute proche aurait fourni sa part de population à Madagascar.
Encore aujourd’hui, le mystère des origines reste entier car si la construction de la langue malgache et les techniques agricoles s’apparentent à l’Indonésie, l’essentiel du vocabulaire serait plutôt d’origine africaine.