Selon la légende, le site de Mahajanga fut choisi par Andriamandisoarivo, frère du roi du Menabe à la recherche d’un lieu pour bâtir sa capitale.
Il plaça sa petite fille dans une pirogue et la laissa flotter au gré des courants .La pirogue dériva jusqu’à l’emplacement actuel de la ville et c’est ainsi que Mahajanga devint capitale du royaume Sakalava.
Lors de ses expéditions dans le Menabe, au début du XIXème siècle, Radama 1er, fils du grand roi Andriananpoinimerina fit la conquête du Boina, obligeant les indiens, arabes et comoriens de la région de Mahajanga à fuir vers les Comores et l’Afrique.
Ce n’est que bien des années plus tard, en 1883 que l’armée coloniale française débarqua à Mahajanga, avant d’entreprendre la conquête d’autres régions de Madagascar et de remonter vers Antananarivo.